ZemaxとOpTaliXはレンズ設計という面から見ると細かい違いはありますが、機能的にはほぼ同じといって良いかもしれません。
乱暴な言い方かもしれませんが…
もちろん、インターフェースの違いから来る操作性とか、クセのような箇所には違いはあります。
あとアルゴリズムの違いが原因と思いますが、MTFの値がお互いにちょっと違ってしまうのは『光学設計ソフトあるある』ですね。
違うといっても全然違うわけではありません。
そもそもどのソフトでも真のMTFが計算できるわけでもないと思います。

 あと、"あちらにはあって、こちらにはない"という機能はお互いにたくさんあります。
大抵は工夫やマクロ言語の使用によってどうにかなることばかりです。

最近は"Zemaxでこうやる操作は、OpTaliXではこうやる"のようなまとめ資料を作っています。
そのうちこれが誰かの役に立てたらいいなぁと思います。